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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出大范围的生物制品生物，还包括抗良性肿瘤和抗虫毒目的。常常，三萜是能够甲羟戊酸前提条件合成图片的，并从天然冰树木和细菌中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上撤稿了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述小作文。该论述看到三萜类单质虫草酸（GA）是在流体培植的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物工程被转化导致的。实现转录组和蛋白质酶质组学方法性进一点经历无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT导致有两种野生灵芝粉酸（GA）的共识机制，并利用多个学方法性查测到的之间的关系表观遗传和之间的关系蛋白质酶，得出DHT 微生物工程获得 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和基本功能类别

借助对无柄虫草真菌孢子菌丝体开展转录组测序共能够得到67230个转录本和1429七个单dna组。在这类单dna组中，493个被鉴定费为相互影响表明爱dna组（DEGs），中仅213个表明爱调涨，279个表明爱调整（图1A）。GO聚集具体具体分析后，DEGs以分成菌物操作阶段（BP）、组织细胞系物质（CC）和分子架构功用（MF）3类。在BP类属中，显示了前3个子类属：抗生素类葡萄糖防氧化细胞系分解新陈消化吸收操作阶段，乙酸盐细胞系分解新陈消化吸收操作阶段和甲酸盐细胞系分解新陈消化吸收操作阶段;而在CC类属中，组织细胞系外区、突触塑料体、突触架构是前3个亚类。对MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）灵催化活性氧、防氧化重置酶灵催化活性氧和酸氨（或酰胺）拼接酶灵催化活性氧是前3个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG径路具体具体分析中，前30条聚集度最多的径路含有27条属细胞系分解新陈消化吸收，中仅丁烷细胞系分解新陈消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐细胞系分解新陈消化吸收、丙酸盐细胞系分解新陈消化吸收预警径路强势聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和系统划分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体去营养物质质组学定性讲解，共设肯定了16,457种现代感肽、2606种营养物质质和2588种酶联免疫法营养物质质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的选择经济条件下，在此2606种营养物质质中，94种被鉴定费为区别化表现营养物质（DEPs），各举52种上涨，42种调整（图2A），图2C界面出现了区别化表现营养物质的聚类讲解法定性讲解热图。从GO定性讲解来瞧，BP类界面出现，基本都数DEPs参与进来冰醋酸盐转换产生工作中、抗生素类转换转换产生工作中和肿瘤药物转换转换产生工作中。CC类DEPs在神经元外区、过防金属氧化物物酶体和微体中的的比例为很高的人，防氧化物恢复酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的的比例很高的人（图2B）。与转录组结论相拟，KEGG走势环路定性讲解界面出现，越来越多DEPs在转换产生中含有，各举3条最含有的路经是光合动物中的碳去固定、碳转换产生和MAPK走势走势环路（图2D）。与此同时，利用定性讲解GO数据源库的CC对DEPs去亚神经元位址定位定性讲解和批注（图2E），DEPs主要的的分布点在神经元质（40.66%）、神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs动物生成的主要的的位址。

图2|血清质组的降钙素原检测具体分析和模块查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转换成和差表组待选DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个文化差异表现DNA（图3A）。对转录组和淀粉酶酶质组中E组和C组公有的DEGs/DEPs去聚类分享分享，看见mRNA和淀粉酶酶质两者两者之间有13个上浮DNA和3个下跌DNA，DEGs各自译为的DEPs表现水平方向呈正涉及到的内容，针对Pearson的涉及到的内容指数分享，在转录组和淀粉酶酶质组两者两者之间检查测量到相对应较高的涉及到的内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验最后显示信息，E组和C组1一DEGs的形容出来技术水平地域差异可观，但其中9个为上涨DEGs，多个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容出来潮流与转录类物质析最后同样。

图3|血清质组的参考值定性分析和功效确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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