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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化淡化是种重要的的翻译英语后淡化,SUMO大分子实现在E1产甲烷酶、E2联系酶和E3无线连接酶的进行下共价联系真的物淀粉酶赖氨酸残基上,在管理苔藓苔藓植被苔藓植被光合的效果、营养品移动信号减弱和胁迫现象中起着重于要的的效果。SUMO化淀粉酶和SUMO淡化流程中中有关于酶的缺位都是会造成的苔藓苔藓植被苔藓植被光合的效果异常处理甚至是死掉,这意味着SUMO化淡化在调高苔藓苔藓植被苔藓植被光合的效果成长发育流程中中起着中心的效果。伴随日前在苔藓苔藓植被中被监定出的SUMO化淀粉酶比例较少,并SUMO 化在苔藓苔藓植被中的丰度较低且可变性性较高,由此监定SUMO化淀粉酶和 SUMO化位点是极为享有考验性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程传授(拜谱动物达成合作有效家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以实现新一种两步来完成赖氨酸缺位SUMO丰度方式 ,建立了最新的树木SUMO化淀粉酶质组数据表格库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文版标题:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

英文版考题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

发表论文中文核心期刊:Nature Plants

决定分子:15.8

钻研总体目标

图1研究探讨总体目标图

设计最后

01、拟南芥K0-SUMO1核氨基酸酚类化合物析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,写作者进十步经过系统优化的三步亲和含有方式使用质谱研究,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化掩盖球脂肪酸组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化淡化蛋清和位点的手机验证

要想印证不确定性的SUMO1血清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并实施了身体之外检测。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以查验SUMO化表达位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化球蛋白和位点的身体之外手机验证(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热触及蛋白质组的化学发光法更

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT血清质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 由于TMT的定量分析血清质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱工作小结

本研究从蛋白酶质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以创立是一种迅敏度极高的SUMO化核蛋白纯化和质谱查测做法。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热激发蛋白酶降钙素原检测相比表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化遮盖核蛋白酶质含量组作贵公司优点遮盖物料,应用高效、性价比最高的聚集技术应用、一流的Astral医疗仪器可完成SUMO化核蛋白酶和位点的优的品质检测出。此外,王鹏程讲师作拜谱科研专家团队一员,在新产品开发历程中为我方带来了靠谱建立和指点,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

可以参考资料:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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